Ab 1934 werden noch einmal männliche Zuchthausgefangene aus dem überfüllten Rheinbach in Haus 2 untergebracht.
Bis Ende März werden die bisherigen Gefangenen in die Lager im Moor (Emsland) verlegt. Schwerpunkt bis zum Ende des NS-Regimes wird immer mehr die Unterbringung von politischen Gefangenen werden. Nach 1939 kommen hierzu Niederländer, Luxemburger aber auch Franzosen, Belgier und Polen, vereinzelt auch andere Nationalitäten. Das Strafmaß reicht von wenigen Monaten bis zu lebenslänglich.
Gefürchtet waren die lebensbedrohlichen Außenkommandos bei der Firma "Dynamit Nobel" oder der "Rheinischen Zellwolle". Hier kamen die Gefangenen auch mit Zwangsarbeitern in Kontakt.
Im Jahre 1941 wurden die jüdischen Strafgefangnen selektiert und in die Konzentrationslager deportiert. Ähnlich erging es 1943/44 den Tuberkolosekranken. Sie wurden laut den schriftlichen Unterlagen "ausgemustert" und mit unbekanntem Ziel abtransportiert.
Die für 700 Gefangene erbaute Haftanstalt Siegburg war 1944 mit 3500 Menschen belegt.
In den letzten Kriegsmonaten wurden dann auch entlassene Gefangene zwangsweise an die Kriegsfront in den Einsatz bei der Wehrmacht geschickt.
Bei der Befreiung durch die US-Armee 1945 befanden sich immer noch 2600 Menschen in der noch vollständig überbelegten Haftanstalt.