Äußerlich verändert sich das Aussehen der Justizvollzugsanstalt. Eine neue Ringmauer umschließt das Gelände der Justizvollzugsanstalt und mit dem neuen Jahrtausend ging auch eine neue Außenpforte in Betrieb.
Im November 2006 quälten drei männliche jugendliche Strafgefangene Stundenlang einen Mithäftling, vergewaltigten ihn und töteten ihn schließlich. Rund ein Jahr später wurden wegen des Foltermords an diesem Gefangenen in Siegburg drei Mithäftlinge zu langjähriger Haft verurteilt. Das Landgericht Bonn verhängte dabei in einem Fall die gesetzliche Höchststrafe. Knapp zwei Jahre nach dem Mord in der JVA Siegburg hob der Bundesgerichtshof (BGH) das Urteil gegen den Haupttäter auf, da die Richter diese für zu milde befanden.
Für die JVA Siegburg bedeutete der Vorfall von 2006 erhebliche Veränderungen. So wurde der Neubau einer Haftanstalt in Wuppertal-Ronsdorf für den Jugendvollzug beschlossen, welche nach ihrer Eröffnung alle Jugendlichen aus der JVA Siegburg übernahm. Die JVA Siegburg wurde zuständig für die Unterbringung von Erwachsenen Strafgefangenen (siehe Zuständigkeiten).
